贾后采纳了他的意见，又张扬太子的缺点，传布到朝野远近。当时朝野都知道贾后有害太子之意，中护军赵俊请太子发动政变废掉贾后，太子不听。
299年十二月，贾后将要废太子司马遹，诈称皇上不舒服，将司马遹诱进宫中，到了，贾后却不与他相见，把他安排在别室，派婢女陈舞逼司马遹吃掉事先准备的醉枣，司马遹便醉得不行。再让黄门侍郎潘岳打了个草稿，模仿司马遹平常的口气，让小婢女拿纸笔和草稿让司马遹抄写下来。
司马遹迷乱不能辨，便依从而写，笔画不全的部分，贾后又令潘岳补上。这份抄写的文字中写到：“皇上、皇后你们快点自动退位吧，你们不自动退，我就进宫废掉你们。然后我做皇帝，蒋美人为皇后。”
贾后把它呈给晋惠帝，晋惠帝驾幸式乾殿，召见公卿，让黄门令董猛把司马遹写的和青纸诏书上写着“太子写这样的话，现在我下令赐他死。”的文字遍示各位王公，没有谁敢说话，大臣们看，谁都不敢说一句话，只有张华、裴頠证明这肯定不是太子写的。贾后怕事情有变，便上表免太子为庶人，晋惠帝同意。派和郁持节到东宫宣旨，太子正游园呢，听说皇帝使者到了，便连拜两次接受了诏书，给太子妃留下一封书信，然后步行走出承华门，乘粗牛车，被押解到许昌的金墉城软禁。
300年正月，贾后让一个宦官自首说自己与太子司马遹打算谋反。下诏把自首宦官的供词颁示公卿。又派司马澹带一千兵众护送司马遹，另外幽禁在许昌宫的别坊中，让治书御史刘振持节守卫着。在此之前，有童谣说：“东宫马子莫聋空，前至腊月缠汝閤。”又说：“风起兮吹白沙，遥望鲁国郁嵯峨，千岁髑髅生齿牙。”南风，是贾后的名字；沙门，是司马遹的小名。
当初，太子刚废时，太子妃的父亲王衍上书请让小女儿与太子离婚，太子妃王惠风便号哭着回家，路上的行人都为之流涕。贾后死后，刘振、孙虑、程据等人被诛杀，下册书恢复司马遹的太子名号，惠帝为太子服长子的斩衰，群臣服齐衰，让尚书和郁率领东宫的官属备制吉凶之制，从许昌把太子的灵柩迎归。谥号叫愍怀。六月二十六日，葬于显平陵。惠帝有感于阎缵之言，建了思子台，原来的属臣江统、陆机都作悼词颂赞。