武汉失守后胡宗南率蒋嫡系第一军到陕西，先挤蒋鼎文出西安，又于一九四二年免去了董的军长职务。一九四三年七月”董被任命为驻榆林的晋陕绥边区副总司令（总司令为邓宝珊）。尽管他对胡宗南排除异己十分恼火，但驻榆期间，仍然拟定了一个“新编两军、确保（晋、陕、绥）三边”的扩军计划，到重庆面呈蒋介石。胡宗南认为董意欲扩充个人势力。因而董的计划未被批准。
一九四零年初，董钊军部移驻三原，兼任陕西省军队组训民众动员指挥部邻（彬）洛区指挥部指挥惯技碉堡线封锁指挥官。在三原指挥临时调拨的新二十五师、新二十六师，修筑三原、泾阳两县的国防工事，以待日军渡黄河西进时，在泾渭流域同日寇作战。一九四一年底，东龙门山失守，黄河河防吃紧，董钊部驻防韩城、合阳两地担任陕东的河防守备。一九四二年四月，董钊升任第三十四集团军昏总司令、兼任原职。
一九四五年初，董钊升任第三十八集团军总司令，同年七月被授予陆军中将衔。辖两个军五个师，总部驻甘肃平凉”担任陇东防线守备兼任兰垣及海原一带防务。这时，日军进犯西峡口卢化等地。三月，董设指挥部于洛南，亲临指挥第一军罗列部及第九十军严明部，对日寇西犯进行抵御。不久，〖日〗本投降，董钊回师平凉。
一九四六年，第三十八集团军改为整编第一军，董任军长。国民党挑起全面内战，董奉命率整一军进攻晋南解放区，被陈赛打的大败，丢了天下第一旅。后一九四七年三月，蒋介石、胡宗南对陕甘宁边区发动重点进攻。董奉命率整编第一军三个整编师集结宜川，组成右翼兵团，与左翼兵团刘戡的整编第二十九军一起，担任南线对延安的突击。在别的部队打开缺口后，为了政治目的，让重建的第一旅首先进占延安。尔后，董部在与西北野战军作战中，屡战屡败。
被免去野战指挥官职务。
一九四八年四月，董任第十八绥靖区司令官。绥靖区司令部设在咸阳，主要任务是配合陕西省政府征兵、征粮，加强地方各保安团队及保甲组织，实行各县联防，保护交通、通讯，进行反共宣传，取缔进步组织，维护国民党摇摇欲坠的统治。此间，他协助胡宗南在陕西成立“锄奸救国大同盟”专门发展和选拔反共分子。同年七月，解放军解放了陕西大片土地，国民党在关中的形势日趋恶化。为了支撑残局，蒋介石任命握有军权的董钊代替祝绍周为陕西省政府〖主〗席，并兼省党部主任委员及省保安司令等职。董主持陕政年余，未能挽救危局。
一九四九年五月，人民解放军兵临西安城下，董钊宣布迁省府于汉中，并将保安旅、团拉到汉中，准备顽抗。由于国民党大势已去，迁往汉中的省府公职人员纷纷离散，其保安部队兵力不足九个团。董明里抓保安队的“整训”暗里却飞往台湾购置房产，准备后路。十一月，人民解放军进军陕南，董宣布撤销在汉中的省府，指使其亲信李鸿基在成都设立陕西省政府办事处，家眷随迁。十二月二日，当董由收音机里听到重庆解放的消息后，十分惊慌，当天下午就召开保安部队团长及各专署专员会议，布置了几项“应变”措施：保留陕西保安司令部并成立陕西绥靖总司令部：各专员公署改称“反共救国军”司令部：以镇巴山区为陕西国民党部队游击根据地，如镇巴不保，保安司令部及所属部队向四川撤退，并改编为新编第八军。当有人提出镇巴山区一无粮草，二无械弹补充，如何能开展游击时，董板起面孔说：“我们是党国的柱石，理应执行上级规定，不能有丝毫的动摇。”然而会后第三天，他自己却乘大卡车逃往成都。十二月九日，被解除军政职务的董钊携妻及三个儿女飞往台湾。一九七七年九月三十日病卒于台北。