军事审计处、秘书处和军事教育管理处及军事裁判所。四月十二日，蒋介石发动反〖革〗命政变，南京国民党〖中〗央执行委员会政治会议第七十九次会议，决定参照旧制设立军事委员会，并于五月二日公布组织大纲。
该大纲推翻了国民党二届三中全会通过的军事委员会组织大纲。此后，鉴于冯玉祥的国民军和阎锡山的军队相继参加北伐，同时也为了与武汉政府争夺这两股力量六月二十七日，南京国民党〖中〗央执行委员会政治会议在军事委员会组织大纲中追加了“战时最高军事长官如国民〖革〗命军总司令、西北国民〖革〗命军总司令、国民〖革〗命军北方总司令均得出席于〖中〗央军事委员会常务会议”的条文。同时，军事委员会所设机构也作了变动，设总务厅、参谋厅、军务厅、军事教育厅、海军处、航空处、经理处、政治训练处等机关。七月六日和八月六日，南京国民政府先后特任胡汉民等五十二人为军事委员会委员，推定胡汉民、何应钦、李鸣钟、阎锡山、杨树庄、李宗仁、李济深为常务委员。胡汉民是实际上的军事委员会〖主〗席。八月十三日蒋介石下野。九月十一日至十三日，国民党宁、汉、沪（西山会议派）三方在上海召开会议，组成国民党〖中〗央特别委员会。九月十七日，公布《修正国民政府军事委员会组织大纲》，废〖主〗席制而改行〖主〗席团制，由国民政府从军事委员会中指定若干人为〖主〗席团委员会之会议均由〖主〗席团召集：〖主〗席团内设常务委员，由军事委员会所在地之〖主〗席团委员中推定七人担任，负责处理紧急重大事件并推定其中一人处理寻常事件（任期三月卜执行委员会之决议案及用委员会名义发布命令，由〖主〗席团常务委员署名。〖中〗央特别委员会于九月十七日、十月三日、十二月七日先后推于右任等七十四人为军事委员会委员。这时的军事委员会的委员几乎襄括了国民党所有的军政机关和军以上的主要高级官员以示对其拉拢和羁縻。同时由白崇禧、朱培德、李宗仁、李济深、汪精卫、何应钦、胡汉民、唐生智、冯玉祥、程潜、杨树庄、蒋介石、阎锡山、谭延回组成〖主〗席团，内以李宗仁、李济深、李鸣钟、何应钦、杨树庄、阎锡山、胡汉民为〖主〗席团常务委员。军事委员会的活动除继续与北洋军作战外，宁汉战争期间，组织军队西征武汉。
不久宁粤对立，又南讨张发奎。