更关键的是，耶律楚材力排众议，坚决废除了蒙古诸将实行多年的“以俘民为奴”的陋习。此前诸将征战中原，将俘获的汉人百姓尽数沦为私奴，随意买卖驱使，既让百姓失去生路，也让国家失去大量纳税人口。楚材上奏窝阔台，恳请下旨，将所有被俘百姓尽数编入国家户籍，成为朝廷治下的编户齐民，给予他们耕种的土地，保障其人身安全，让流民得以安家，奴隶得以翻身。他特意在朝堂之上，当着阿勒赤歹等贵族的面陈奏，话锋直指权贵：“大汗，中原百姓历经金乱、蒙金征战数十年，早已疲惫不堪，如同风中残烛。若赋税过重，百姓无路可走，必然逃散山林，沦为盗匪，届时中原再无宁日，我蒙古将士日后欲征南宋、西征，何处寻兵源？何处取粮草？若轻徭薄赋，与民休养生息，放宽税赋期限，减免战乱之年的欠税，只需三五年光景，荒芜的田亩必会重新耕种，百姓安居乐业，国库自然充盈，我大元在中原的根基才能扎稳，黄金家族的基业才能长久！”
阿勒赤歹等人闻言，面色铁青，却被楚材句句戳中要害，一时无言以对。窝阔台听后，深觉有理，当即准奏，下诏减免中原百姓三年赋税，又选派耶律楚材举荐的清廉官吏，分赴各地巡查，监督税赋执行，同时特意下旨，明确“贵族犯法与民同罪”，震慑守旧势力。诏书下达之日，中原百姓奔走相告，那些躲在深山老林里、食不果腹的流民，那些被贵族霸占为奴、受尽折磨的百姓，终于看到了生路，纷纷扶老携幼走出山林、离开贵族营帐，重拾犁耙农具，回到荒芜的田间开垦耕种，沉寂多年的田野，渐渐升起袅袅炊烟，多了百姓耕作的身影。
再言安百姓、止杀戮。战乱之后的中原，百姓最缺的便是安稳与保障，蒙古将士依旧沿袭旧习，时常闯入民间掠夺财物、欺凌妇孺，百姓整日提心吊胆，惶惶不可终日。耶律楚材先是奏请窝阔台下旨，严令所有蒙古将士驻守军营，无令不得擅自进入民间村落、城池街巷，但凡有敢擅取民间一物、欺凌百姓一人者，不论士卒还是将领，皆按军法严惩不贷，同时诏令中原各地官府，可直接受理百姓诉状，无需层层转呈。
法令初下，依旧有人心存侥幸，不以为然。一日，燕京府传来急报，一名蒙古百户仗着是阿勒赤歹的远亲，带领麾下士卒闯入民宅，强抢农户家仅剩的过冬粮食，还将反抗的农户打成重伤，引得当地百姓群情激愤，手持锄头扁担围住军营，险些引发民变。耶律楚材听闻此事，当即不顾朝中阿勒赤歹的说情阻拦，亲自率领亲兵赶赴燕京，将那名百户捉拿归案。
公堂之上，阿勒赤歹的说客早已等候，扬言百户是功臣之后，要求从轻发落，甚至威胁耶律楚材“不识时务，必遭祸端”。耶律楚材手持卷宗，字字铿锵：“大汗有令，军民犯法同罪，此百户劫掠百姓、伤人性命，触犯军法国法，岂能轻饶？”他不顾威胁，当堂历数百户罪状，传召百姓作证，而后下令就地斩首示众，同时将其麾下涉案士卒一一杖责流放，昭告天下，军法在前，权贵亦不姑息。
经此一事，蒙古将士深知耶律楚材执法如山，更明白大汗对其的信任，纷纷收敛行径，再不敢随意侵扰百姓。耶律楚材又下令各地官府，开设义仓，调集国库粮食存入其中，但凡遇到灾荒年月，便开仓放粮，赈济流离失所的百姓；同时组织百姓修缮残破的城池、水利，发放耕牛、种子，帮助流民重建家园。不过一年光景，中原各地便再无烧杀抢掠之事，街市之上，商贩渐渐归来，摆摊叫卖，行人往来络绎不绝，田间地头皆是耕作的百姓，久违的太平气象，一点点在中原大地铺展开来。
最后是兴文教、续文脉。耶律楚材深知，中原之地千年文脉绵延，儒家礼仪教化深入人心，只靠武力征服，永远无法让百姓真心归附，唯有重启文教，传承文脉，才能让百姓心悦诚服，更能借助中原文脉，化解蒙古与汉地的文化隔阂。他常对窝阔台汗进言，更在朝堂之上多次阐述：“大汗，乱世平定需靠武力铁骑，可天下长治久安，必须依靠文治教化。中原文脉千年不断，是凝聚民心的根本，若弃文教而重武备，即便占据中原，也只是昙花一现。更可借文教融合蒙汉，让天下士人归心，我蒙古统治方能长久。”
他先是奏请窝阔台恩准，在故金燕京设立国子学，耗费重金寻访中原隐居的耆儒硕学，以高官厚禄聘请他们担任教官，同时下令招收蒙古、汉人、契丹等各族子弟入学，既教授《论语》《孟子》《大学》《中庸》等儒家经典，传扬仁政爱民、礼义廉耻的理念，也教授算术、历法、农耕等实用学问，培养治国安民的人才。而后，他又亲自带人奔走中原各地，收集战乱中散落民间的典籍书卷，从残破的书院、百姓家中，搜罗出无数被战火损毁的经书、史书、文集，组织文人墨客精心整理、修补、刊印，让濒临断绝的中原文脉得以延续。