第二个时期：从1950年至1965年。此间研究程朱理学的文章著作基本上都采用唯心主义唯物主义划分的方法，普遍认为程朱代表了客观唯心主义学说。这段时间出版的有关中国哲学史、思想史的著作大致有杨荣国的《简明中国思想史》（1952年）、侯外庐等人的《中国思想通史》（1959年）、任继愈的《中国哲学史》（1964年）等，其中都有专门章节分述程朱之学。此间研究程朱理学的论文亦有一些，其中专门研究二程的论文有两篇，研究朱熹的大致有十四篇。这些论著中的绝大多数对程朱理学持否定态度，认为他们的哲学思想和他们的政治立场相应，是极端反动的。朱熹的哲学在历史上的作用只是对唯物主义哲学的发展起了一种刺激的作用，但如果对朱熹哲学没有批判、没有认识，就不能起到刺激唯物主义发展的作用，反而会起破坏作用。当然，亦有学者对程朱理学有肯定的一面，认为程朱的哲学思想中包含有辩证法的因素，认为这是二程哲学体系中的合理思想。但从总体上认定二程的思想是唯心主义的，是为封建统治阶级服务的。从总体上说，此间对程朱理学的研究多集中在北宋“五子”及朱熹等几个主要人物上，对程门及朱门后学则研究较少。虽然此时是以唯物唯心的方法进行研究读到，但相对于第一个时期，对问题的研究已相对深入了些。因为方法论上的偏差，故这一时期只能称作探索期
第三个时期：从1966年至1976年。这一时期正值“文化大革命”，深受“唯心主义等于反动保守”之公式的影响，故对程朱理学的批判不断升温。这段时间研究二程的著作有批判文集一本，二程言论选批一本，分别为《程颢程颐及其思想批判》（1974年）、《程颢程颐言论选批》（1975年）。研究朱熹的论文大致有54篇。“文革”期间，对程朱理学批判的主要内容是把程朱放在儒法斗争史上，作为法家对立面的反动儒家人物而加以批判。另外还批判程颐要寡妇守节而带来的“贞节杀人不见血”的后果。总之，在“文化大革命”期间，程朱理学甚至整个中国哲学史、思想史的研究可谓百花凋残、野草满径，所以这一时期只能称为挫折期。
第四个时期：从1977年至20世纪末。此间程朱理学研究真正获得了突飞猛进的发展，其中不仅与程朱理学相关的宋明理学断代哲学史的研究愈加深入，而且人物个案研究也得到了发展，大量的论文及专著问世，真可谓“百家争鸣，百花齐放”。