刘毓随张郃到魏郡休整，同时派人向皇甫嵩报捷。
皇甫嵩接到刘毓的报信，兴奋不已，多日来的疲惫一扫而空，精神抖擞，又派使者向朝廷报捷，同时通知各营准备，三日后，班师回朝，封功受赏。又命人通知刘毓不必回巨鹿，就在魏郡等他，和大军一起经河内回洛阳。
洛阳，皇帝刘宏接到皇甫嵩的捷报，大喜道：“皇甫爱卿不愧是我朝名将，朕要重重赏他。”
旁边侍立的左丰开口道：“此全赖陛下洪福齐天，皇甫将军才能扫灭黄巾，奴听说此次大胜，全靠白水乡侯刘毓不顾生死，先是河东破杨凤，再是九门斗张宝，五千破八万，广宗城负甲先登，广平郡生擒张宝，失鹿坡单骑追张角，得其尸首而还，其当为破黄巾之首功。”
皇帝刘宏点头道：“当初我就看好他，不愧是我皇室苗裔，是该重赏。”
刘毓在魏郡与张郃、沮授等人，每日煮酒畅谈天下大事，都为彼此的才能所折服，遂引为知己好友，这日皇甫嵩大军来到魏郡，召刘毓回营，共赴洛阳。分别之际，刘毓牵着从张角手里缴获的宝马，找到张郃，道：“儁乂，你我相交一场，我能得诛张角之功，也多亏你的及时相助，这匹马是当日张角所乘，被我得来，我不缺好马，今日送与儁乂，望儁乂不要辜负我一番美意。”
张郃没有推辞，收下马匹，对刘毓拜谢道：“今日赠马之情，郃，必不相望。”
之后刘毓又去找沮授，将自身佩剑送给沮授，沮授将自己所戴玉佩送给刘毓。刘毓与沮授洒泪而别。
刘毓跟随皇甫嵩，行有几个昼夜，回到洛阳，皇帝亲自到城外相迎。可谓给足了皇甫嵩面子。又过几日，朱儁、孙坚、曹操都回到洛阳，等候朝廷为他们论功行赏。
在刘毓回洛阳的第二日，有幽州刺史刘焉上表，提出设立州牧制度，让资深官员、皇室宗亲担任州牧，掌一州之军政大权，这样有利于整合地方力量，对付各地此起彼伏的农民起义。
皇帝刘宏经过仔细考虑，觉得刘焉的建议非常好，下旨执行州牧制度。并让刘焉担任益州牧，刘虞担任幽州牧，刘岱为兖州牧，陶谦为徐州牧。其他州暂时不用州牧。
刘毓接到消息之后，大惊，连忙上书皇帝，言不可实行州牧制，此制度虽然可以有效节制各地农民军造反，可同样朝廷也将丧失对郡一级的完全控制权，使地方做大，请求皇帝万万不能实行此制。
皇帝刘宏看了刘毓奏章后，大怒，说刘毓妄仪朝政，本来皇帝刘宏是打算让刘毓做河东太守，并加封安东将军，经此一事，对刘毓失望，打算撤掉他安东将军职位，并将他掉到偏远地区做太守，还是左丰替刘毓求情，才让皇帝打消了这一念头，但是河东太守是做不了了。朝中文武得知此事，将刘毓打上了阉党的标签。
每月十五日大朝会，皇帝刘宏首先宣布黄巾之乱已经平定，下旨改年号为中平，这一年即为中平元年，并大赦天下。又对此次破黄巾的功臣封官进爵。封皇甫嵩为冀州牧，皇甫嵩又上书卢植无罪，皇帝刘宏下令将卢植释放，并官复原职。
封刘毓为太原太守，加安东将军。太原虽然也是大郡，又是并州首府，可毕竟远离中原，周边又有胡掳为祸，实在不是什么好地方。
卫仲道得知此事，不以为忧，反以为喜，对裴潜道：“太原虽远，可如今天下大乱，远离中区，未必不是好事，正可方便取事。”
封曹操为济南相。封朱儁为车骑将军，河南尹。孙坚在朝中有人，破格加封别部司马。另关羽、徐晃为太原郡尉和司马，赵云为常山国校尉，张郃为冀州司马，沮授为冀州别驾，众人都有升官，独刘备只得一安喜县尉，皆因刘备曾织席贩履，为人不喜所致。
同时下令将张宝凌迟碎剐，将张角戳尸削首，然后将二人放在太阳下暴晒，让其魂飞魄散，不得超生。
刘毓对刘备所得封赏不满，再次上书具言刘备功劳，左丰以为刘毓已经是自己人，见刘毓为刘备求情，也把刘备当自己人，故也暗中帮了一把，朝廷于是又改封刘备为平原郡尉，张飞本来无封，也添为平原校尉。也是因此刘备也被朝中清流归为宦官一党。
刘备、张飞得知朝廷新的任命后，对刘毓自是千恩万谢。
众人各自去上任，分别时，刘毓见赵云无好马乘骑，便许诺，等回到杨县，就将先前得来的那匹青玉白狮子马送给赵云，赵云自是推辞不授，刘毓道：“上将军怎可无马，你我同为沙场袍泽，更是亲如兄弟，此是我这做兄长的赠与贤弟，不可推辞。”赵云只好应了。